La SAT è organizzata in Commissioni: costituite da volontari esperti nei diversi ambiti, sono organi tecnici e consultivi. Le Commissioni promuovono la conoscenza e la cultura della montagna e forniscono alla SAT, ai soci e alla collettività contenuti e consulenze specialistiche. Le Commissioni sono istituite dal Consiglio, sono dotate di autonomia organizzativa e gestionale, ma non possono impegnare in alcun modo la SAT nei confronti di terzi o dei soci, perché restano sottoposte al controllo del Consiglio Centrale.